A História de Serra da Raiz está diretamente ligada a colonização portuguesa no Brasil e a conquista da Paraíba.

      No século XVI os índios da nação potiguar habitavam o litoral da Paraíba e Rio Grande do Norte, e tinham na Serra da Cupaóba, hoje, Serra da Raiz, o centro deste domínio, comercializando o valioso pau-brasil e animais exóticos com os piratas franceses e os colonos portugueses de Pernambuco.

      Em 1574, chegou a Serra da Raiz, um aventureiro mameluco em busca de lendárias riquezas. Apaixonando-se por Iratambé, uma índia de 15 anos de encantadora beleza, filha do maioral da aldeia, o morubixaba Iniguaçu. Recebeu a menina em casamento, prometendo ficar morando com os índios, mas, aproveitando um dia que os guerreiros haviam saído para a caça fugiu para Olinda levando Iratambé. Iniguaçu mandou dois de seus filhos buscarem a irmã, que a encontraram. Na viagem de volta, pararam para descansar no Engenho Tracunhaém do rico português Diogo Dias, que também seduzido pela beleza de Iratambé, aprisionou-a.

      Iniguaçu, revoltado, com a ajuda dos piratas franceses atacou o engenho, matando todos que ali se encontravam e, até os animais domésticos. O episódio ficou conhecido como O Massacre de Tracunhaém onde morreram mais de 600 colonos portugueses, iniciando uma guerra de meio século, para os portugueses foi a campanha pela conquista da Paraíba, para os nativos potiguaras a luta em defesa da liberdade, tudo isso teve a Serra da Raiz como palco principal.